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①氧化磷酸化：又稱為電子傳遞水平磷酸化。在生物氧化過程中，代謝物脫下的氫經呼吸鏈氧化生成水的同時，所釋放的能量驅動ADP磷酸化生成ATP，這種氧化與磷酸化相偶聯的過程稱為氧化磷酸化（oxidative phosphorylation），光解水發生在真核細胞的線粒體內膜或原核生物的細胞質中。

②底物水平磷酸化：代謝物在氧化分解過程中，有少數反應因脫氫或脫水而引起分子內部能量重新分布產生高能磷酸鍵，直接將代謝物分子中的高能磷酸鍵轉移給ADP（或GDP）生成ATP（或GDP）的反應稱為底物水平磷酸化（substrate level phosphorylation）。例如在糖的代謝過程中，甘油醛-3-磷酸脫氫并磷酸化生成甘油酸-1，3-二磷酸甘油酸，在分子中形成一個高能磷酸基團，在磷酸甘油酸激酶的催化下，甘油酸-1，3-二磷酸可將高能磷酸鍵基團轉移給ADP，生成甘油酸-3-磷酸和ATP。